Banca de DEFESA: Ana Carolina Lima Monteiro

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : Ana Carolina Lima Monteiro
DATA : 07/03/2024
HORA: 09:00
LOCAL: Auditório 02 - Instituto de Ciências Biológicas
TÍTULO:

"Varredura de bancos de dados de estruturas proteicas em busca de serino proteases com novas tríades catalíticas".

PALAVRAS-CHAVES:

serino proteases; tríade catalítica; estrutura proteica; varredura em banco de dados de estrutura proteica

PÁGINAS: 106
RESUMO:

O mecanismo catalítico das serino proteases, o grupo mais abundante de enzimas proteolíticas, baseia-se em três componentes estruturais: a tríade catalítica, o oxyanion hole e os bolsões de especificidade. Os resíduos da tríade catalítica (serina, histidina e aspartato) estão dispostos de quatro formas diferentes na sequência polipeptídica dos clãs clássicos de serino proteases, indicando pelo menos quatro origens evolutivas diferentes desta maquinaria e permitindo a separação destas enzimas de acordo com a disposição da tríade. No entanto, em teoria, os resíduos da tríade podem ser dispostos em seis ordens diferentes. A razão pela qual as outras duas disposições possíveis não estão presentes nas serino proteases conhecidas ainda não foi descoberta. Assim, para investigar este fenômeno, o objetivo deste trabalho é encontrar e/ou construir serino proteases que possuam novas tríades catalíticas. As estruturas depositadas no Protein Data Bank e no AlphaFold Protein Database foram analisadas por um algoritmo que mediu as distâncias entre átomos específicos de todos os resíduos de serina, histidina e aspartato ao longo da estrutura da proteína e comparou os resultados com o valor de distância de corte calculado a partir das distâncias médias encontradas nos sítios ativos de serino proteases conhecidas. As tríades que satisfaziam este critério foram separadas de acordo com a ordem em que os três resíduos aparecem na sequência da proteína. Algumas dessas tríades tinham as duas disposições que não se encontram nas serino proteases, então sua área de superfície acessível foi comparada com o padrão encontrado nos resíduos catalíticos das serino proteases. A única tríade que satisfazia este critério era acessível ao solvente, mas distante da superfície e, por conseguinte, inacessível aos peptídeos. Construir um modelo de uma serino protease com uma tríade não documentada utilizando esta proteína implicaria a remoção de parte desta proteína para que o substrato pudesse alcançar a tríade e, em seguida, incluir um oxyanion hole e resíduos de ligação ao substrato, levando ao descarte desta proteína como modelo.

MEMBROS DA BANCA:
Externo ao Programa - 1255916 - ANTONIO FRANCISCO PEREIRA DE ARAUJO - nullPresidente - 1976153 - JOAO ALEXANDRE RIBEIRO GONCALVES BARBOSA
Interno - 2122537 - MARCELO DE MACEDO BRIGIDO
Externo à Instituição - RICHARD CHARLES GARRATT - USP